Pengiran Muda Hassanal Bolkiah diputerakan pada 15 Julai 1946 iaitu pada zaman pemerintahan paduka ayahanda saudara baginda, Sultan Ahmad Tajuddin Akhazul Khairi Waddien.[4] Paduka ayahanda baginda, Pengiran Bendahara Seri Maharaja Permaisuara (kemudian Sultan Haji Omar 'Ali Saifuddien Sa'adul Khairi Waddien) merupakan paduka putera kedua kepada Sultan Muhammad Jamalul Alam. Paduka bonda baginda, Pengiran Anak Damit (kemudian Raja Isteri) merupakan paduka puteri sulung kepada Pengiran Bendahara, Pengiran Anak Abdul Rahman. Baginda diputerakan di Istana Darussalam, Bandar Brunei.

Baginda menerima pendidikan awal secara persendirian di Istana Darul Hana di Bandar Brunei (kini Bandar Seri Begawan) dan menuntut di institusi tertinggi di Brunei dan Tanah Melayu (kini Semenanjung Malaysia).

Baginda pernah bersekolah di Victoria Institution di Kuala Lumpur dan melanjutkan pelajaran di Akademi Tentera Diraja Sandhurst United Kingdom sebagai pegawai kadet dan ditauliahkan pangkat Kapten pada 1967. Baginda berangkat meninggalkan Sandhurst pada tahun yang sama untuk menaiki takhta.

Pengiran Muda Hassanal Bolkiah dimasyhurkan sebagai Pengiran Muda Mahkota pada 1961 dan ditabalkan sebagai Sultan Brunei pada 5 Oktober 1967 sehari selepas paduka ayahanda baginda, Sultan Haji Omar 'Ali Saifuddien Sa'adul Khairi Waddien, turun daripada takhta secara sukarela.